Des espèces emblématiques… aux échelles nationale et européenne. De nombreuses espèces rares et menacées sur d’autres territoires subsistent sur le territoire du bassin de la Dordogne, et notamment autour des milieux aquatiques et péri-aquatiques.

Les poissons de la Dordogne, un patrimoine exceptionnel

Avec ses trente-neuf espèces, la Dordogne possède une variété de poissons remarquable. Elle a surtout la particularité d’être le dernier refuge de la totalité des grands migrateurs amphihalins d’Europe de l’Ouest : l’Esturgeon d’Europe, la Grande alose, l’Alose feinte, l’Anguille d’Europe, la Lamproie fluviatile, la Lamproie marine, le Saumon atlantique, la truite de mer. 
Dans les eaux courantes se trouvent des poissons caractéristiques des rivières vives telle la Truite fario, le Vairon, le Chabot et la Loche franche pour ne citer qu’eux.
Dans les eaux plus calmes, les zones profondes et les bras morts on trouve le Gardon, l’Ablette, la Tanche,  la Perche, le Brochet ou encore  la Brème. Plusieurs espèces introduites se sont également acclimatées aux eaux de la Dordogne : la Carpe, le Sandre ou l’Ombre commun, qui nécessitent des caractéristiques écologiques assez particulières, ainsi que le Silure et le Black-bass.

La grande valeur patrimoniale du peuplement piscicole de la Dordogne est évidente. Les poissons de la Dordogne reflètent la diversité des habitats sur le cours d’eau dont les caractéristiques en termes de température, d’oxygénation et de climat conditionnent leur répartition.

Les invertébrés

Parmi les nombreux invertébrés que compte la Dordogne, les nayades sont emblématiques. Deux espèces de la famille des margaritiféridae en voie de disparition sont encore représentées sur le bassin de la Dordogne. Il s’agit de la Moule perlière et de la Grande mulette.

L’Ecrevisse à pieds blancs fréquente, quant à elle, les eaux fraîches des affluents des gorges de la Dordogne. Exigeante, cette espèce d’intérêt communautaire exprime la qualité des milieux dans lesquels elle s’épanouit. Malheureusement, les espèces invasives importées mettent en péril la survie de ces écrevisses indigènes.

Les milieux aquatiques et humides abritent des espèces de papillons classées telles que le Damier de la Succise, l’Ecaille chinée et le Cuivré des marais.

Des libellules classées, telles que la Cordulie à corps fin et l’Agrion de Mercure sont bien présentes dans la vallée.

Dans les zones de forêts, des insectes comme le Lucane cerf-volant, le Grand capricorne, la Laineuse du prunellier, la Rosalie des Alpes, présentent aussi un intérêt patrimonial.

Les oiseaux

Deux éléments favorisent la présence de nombreux oiseaux sur les rives de la Dordogne : la qualité des eaux de la rivière, et la grande variété de conditions environnementales, permettant la succession de milieux humides et secs (coteaux, causses, bancs de galets), et la présence de multiples poissons et invertébrés leur garantissant des ressources alimentaires.

C’est le cas notamment des espèces d’intérêt communautaire suivantes : le Circaète Jean-le-Blanc, le Balbuzard pêcheur, le Milan royal, le Milan noir, le Héron cendré, le Grand-duc, le Cincle plongeur, le Martin-pêcheur, la Cigogne noire, l’Hirondelle de rivage, le Petit gravelot…

Les mammifères

Comme pour les oiseaux, la présence de nombreux mammifères sur les rives de la Dordogne est intimement liée à la qualité des eaux de la rivière et à la présence de multiples poissons et invertébrés.

Parmi les mammifères aquatiques, deux espèces rares et classées sont à distinguer : la Loutre commune et le Vison d’Europe, inscrites sur la liste mondiale des espèces menacées.

Les reptiles et amphibiens

Les bords des cours d’eau accueillent également de nombreux amphibiens tels que les Grenouilles vertes et rousses, le Crapaud commun, la Salamandre, le Triton ponctué et des reptiles tels que la Couleuvre à collier et la Couleuvre vipérine qui aime se lover dans le lit des cours d’eau.

Parmi les tortues aquatiques, la Dordogne et l’Isle sont les hôtes de la cistude d’Europe. Elle est bien présente dans les vallées alluviales de la basse Isle et de la basse Dordogne.

La flore

Dans la rivière, surtout à partir de la moyenne Dordogne, se développent des plantes d’eau remarquables telles que le Flûteau nageant, espèce d’intérêt communautaire.  L’Angélique des estuaires présente sur les seuls estuaires de la Loire, de la Gironde, de la Charente et de l’Adour fait l’objet d’une protection nationale et européenne. Sur la Dordogne elle remonte jusqu’à la région du Libournais. D’autres espèces présentes sur les vallées de la Dordogne et de l’Isle sont protégées au niveau national ou communautaire, il s’agit par exemple de la nivéole d’été, la gratiole officinale, la pulicaire vulgaire et la Jacinthe romaine.